Pripadnici srpskih snaga napali su grad Kotor-Varoš 11. i 12. 6. 1992. godine. Pored lokalnih jedinica, u napadu je učestvovala i jedinica Specijalnog odreda milicije CSB-a Banja Luka, koju je predvodio Slobodan Dubočanin. Uhapšeni su istaknuti građani nesrpske nacionalnosti, uključujući pripadnike policije, a mnogi stanovnici su pobegli u šumu, gde su ostajali i po nekoliko meseci. Krizni štab uveo je policijski sat, koji su sprovodili pripadnici policije i vojske.

Dana 25. 6. 1992. godine pripadnici vojske i policije bosanskih Srba uhapsili su i odveli grupu od 85 bosanskih Muslimana i bosanskih Hrvata do bolnice u Kotor-Varoši. Tu su ih pripadnici Dubočanove jedinice tukli puškama, vređali po nacionalnoj osnovi i oteli im sve vredne predmete. Na Enesa Terzića su pustili psa, od čega je zadobio duboke rane na nozi. Nekoliko Muslimana su prisilili da tuku članove svojih porodica. Izdvojeni su Esad Muminović, Ševal Đuvelek, Samir Avdić, Melvin Vilić. Melvinov otac Rešid je zatražio da uzmu njega umesto sina, ali su umesto toga izdvojili obojicu. Odvedeni su iza jednog transportnog vozila, gde su ubijeni. Policajac Duško Vujičić je ubio Miralema Avdića nakon što ga je pitao da li je učestvovao u osnivačkoj skupštini SDA u Sarajevu. Nekoliko muškaraca među kojima je bio Svedok BT-97  primorano je da iskopa masovnu grobnicu za oko 15 tela ljudi ubijenih u okolini bolnice.

Tokom leta, srpske snage napale su više hrvatskih i muslimanskih sela u opštini Kotor-Varoš. Većina meštana pobegla je u obližnje šume, dok je deo pokušao da pruži otpor. Kada bi bili prinuđeni na predaju, srpske snage bi im oduzele dragocenosti, spalile kuće i  pobile neke od njih.

Sredinom avgusta 1992. godine, pripadnici „Belih orlova“ i lokalni Srbi u maskirnim uniformama napali su pretežno muslimansko selo Dabovci. Sve kuće u selu su zapaljene, a žene i deca, uključujući Svedokinju ST-26, odvojeni od muškaraca. Muškarci su odvedeni u obližnje selo Čejvani, gde su zaključani u jednu štalu. Na njih je prvo otvorena vatra, a zatim je cela štala spaljena.

U otprilike isto vreme, ubijeno je najmanje osam muškaraca u džamiji u selu Hanfići, koja je potom zapaljena. Među njima su bila braća Idriza Aleksića, koji je kasnije, sa još dvojicom muškaraca, sahranio njihove posmrtne ostatke.

Do početka oktobra 1992. godine, muslimansko selo Večići bio je jedino područje u opštini koje nije bilo pod kontrolom srpskih snaga. Međutim, kada su ga srpske snage opkolile, započeli su pregovori o predaji stanovništva. Tokom noći između 2. i 3. 11. 1992. godine, naoružani ljudi iz Večića krenuli su ka Travniku, a žene i deca su se predali. Muškarci su ubrzo upali u zasedu i zarobljeni su. Deo je ubijen, a deo je odveden u školu u Grabovici. Sutradan su žene i deca iz sela konvojem odvedeni u Travnik. Oko 150 muškaraca koji su ostali u školi, su ubijeni.