Hrvatsko vijeće obrane (HVO) pretvorilo je, u maju 1993. godine, zgradu Koštane bolnice u Stocu u štab Vojne policije. Koštana bolnica je korišćena i kao zatočenički objekat za bosanske Muslimane.

U prizemlju bolnice bili su stacionirani vod 3. satnije 3. bojne Vojne policije i bojna HVO iz Stoca koja je bila u sastavu 1. brigade „Knez Domagoj“.

Po naredbi Nedjeljka Obradovića, zapovednika 1. brigade HVO „Knez Domagoj“, od 7. 5. 1993. godine, bolesnicima je zabranjen pristup Koštanoj bolnici. Jedan deo bolesnika prebačen je u kasarnu HVO u Grabovini, u opštini Čapljina, a manja grupa od desetak bolesnika prevezena je na teritoriju pod kontrolom Armije RBiH. Salko Bojčić, zatočenik Zatvora u Gabeli, dobio je zadatak da, u pratnji HVO, vozi kamion na nepoznatu lokaciju. Uspeo je da pobegne od pratnje i ode u pravcu Blagaja. Tada je otvorio zadnji deo kamiona i video 11 žena i dvojicu četrdesetogodišnjih muškaraca, od kojih je jedan bio mentalno bolestan. Te žene su Salku Bojčiću rekle da su oni invalidi iz Koštane bolnice u Stocu. Od tih osoba samo je jedna jedva mogla da ustane, a sve ostale su bile potpuno nepokretne.

Muslimani koje je HVO uhapsio u opštini Stolac, pripadnici HVO i Armije RBiH, ali i civili, bili su zatočeni u Koštanoj bolnici između maja i oktobra 1993. godine. Držani su u prenatrpanim prostorijama u podrumu i prizemlju zgrade. Neki zatočenici, među kojima je bio i Edin Baljić, nisu dobijali hranu ni po četiri dana po dovođenju. Neki su morali da spavaju na golom betonu. U prostorijama su imali po jednu kantu u koju bi vršili nuždu.

Pripadnici HVO su na različite načine zlostavljali zatočenike. Ibro Zlomužica je premlaćen drvenom šipkom, a zatim su mu vojnici vezali kabl oko vrata i pokušali da ga obese, usled čega je u nekoliko navrata gubio svest. Premlaćivanja su se obično odigravala noću, kada su svetla bila isključena. Ukoliko su pripadnici HVO tukli zatočenike danju, žrtve su bile okrenute licem prema zidu da ne bi prepoznale osobe koje ih tuku.

U Koštanoj bolnici su od posledica premlaćivanja preminula najmanje četiri zatočenika: Ibro Razić, Suad Obradović, Salem i Vejsil Đulić, a Salko Kaplan je preminuo od posledica premlaćivanja odmah po odvođenju u Zatvor u Gabeli.

Između juna i oktobra 1993. godine, HVO je zatočenike iz Koštane bolnice premestio u druge zatočeničke centre HVO, među kojima su zatvori u Gabeli i Dretelju.