Vojnici HVO koji su hapsili stanovnike Vareša 23. 10. 1993. godine odveli su većinu uhapšenih muškaraca najpre u Gimnaziju u Varešu. Tokom tog dana, broj zatočenih u Gimnaziji u Varešu narastao je sa 70 na 250. Većina zatočenih muškaraca Muslimana, u dobi od 17 do 70 godina, bili su civili, stanovnici Vareša, ali bilo je i pripadnika Armije RBiH.

Zatočenički objekat u Gimnaziji u Varešu obezbeđivali su pripadnici voda Vojne policije pridodatog Brigadi „Bobovac“, koji su kontrolisali ulaz i stražarili.

Zatočenici su držani u fiskulturnoj sali, gde su spavali na podu. Nisu imali vode i hrane, i bilo im je dozvoljeno da idu u WC samo nakratko. Predstavnici opštinskog Crvenog krsta samo su jednom prilikom zatočenima doneli hranu.

Pripadnici HVO su premlaćivali zatočenike. Salema Ćerenića je nekoliko vojnika udaralo različitim predmetima i šutiralo dok je bio na podu. Pripadnik Nordijskog bataljona (NORDBAT) pri UNPROFORU-u Daniel Ekberg je, prilikom posete 26. 10. 1993. godine, u Gimnaziji zatekao 66 zatočenika, među kojima su bili i Mustafa Operta i Aslan Kurtsaj, koji su imali vidne povrede od premlaćivanja, ali su, zastrašeni, poricali da ih pripadnici HVO tuku. Mufid Likić je s grupom od 25 zatočenika više puta prebacivan u različite prostorije i sakrivan od Crvenog krsta zbog povreda koje su imali od premlaćivanja.

Deo zatočenika je krajem oktobra 1993. godine prebačen iz Gimnazije u Osnovnu školu u Varešu, a preostali zatočenici su oslobođeni 2. ili 3. 11. 1993. godine, kada je HVO napustio Vareš.