Tokom 12. i 13.7.1995. godine, bosanski Muslimani koji su odvojeni u Potočarima i veliki broj onih iz kolone koja je krenula ka Tuzli koji su se predali ili su zarobljeni, prebačeni su u Bratunac. Neki od njih zatvoreni su u zgrade u kompleksu škole „Vuk Karadžić”: u samu školu i zgradu iza škole, poznatu kao hangar ili „Skladište“, a neki u vozila parkirana oko škole. Za obezbeđenje zatočenih muškaraca u Bratuncu bila je zadužena Bratunačka brigada VRS, uz pomoć Vojne policije.

Po dolasku u kompleks škole, zatočenici su bili prisiljeni da ostave svoje lične stvari. Nisu dobijali hranu, niti im je pružana medicinska pomoć, a vode su dobili premalo. Pripadnici Vojne policije Bratunačke brigade su tukli zatočenike. Ahmo Hasić je video kako zatočenike tuku kundacima pušaka, crevom za vodu i šuitiraju ih. Tokom noći 12. na 13.7.1995. godine, vojnici su prozvali i izveli iz hangara neke od zatočenika. Svedok PW-169 čuo je zvuke tupih udaraca, jauke i krike, i kako vojnici govore: „Aj’, gotov je, vucite ga tamo dalje.“ Na ovaj način izvedeno je otprilike 40 ljudi od kojih se neki nisu vratili. Neke pretučene zatočenike su vraćali u hangar, i njihove povrede pokazivali drugim zatočenicima. Sutradan su petorica zatočenika preminula, a ostali su izneli njihova tela.

Drugi zatočeni bosanski Muslimani, koji su pre toga bili u Novoj Kasabi i u zgradi na raskrsnici u Konjević-Polju, autobusima su prevezeni u Bratunac, gde su im pripadnici Vojne policije Bratunačke brigade koji su ih čuvali rekli da će preko noći ostati u autobusima, jer u školi više nema mesta. Nisu dobili vode, a neki su se od vrućine onesvestili. Nije im bilo dozvoljeno da spavaju. Mevludin Orić je video da su neki muškarci izvedeni iz autobusa i odvedeni iza zgrade škole, odakle su se posle čuli pucnji.

Počevši od 13.7. uveče, bosanski Muslimani zatočeni u školskom kompleksu odvoženi su autobusima u Orahovac, gde su nakon toga streljani.

Između 45 i 65 bosanskih Muslimana je ubijeno u školi „Vuk Karadžić“ i ispred nje. Tela ubijenih pokopana su 16.7.1995. godine u masovnoj grobnici na lokalitetu Glogova.